Пожалуйста, используйте этот идентификатор, чтобы цитировать или ссылаться на этот документ:
https://elib.bsu.by/handle/123456789/289603
Заглавие документа: | ORFhunteR: An accurate approach to the automatic identification and annotation of open reading frames in human mRNA molecules[Formula presented] |
Авторы: | Grinev, Vasily V. Yatskou, Mikalai M. Skakun, Victor V. Chepeleva, Maryna K. Nazarov, Petr V. |
Тема: | ЭБ БГУ::ЕСТЕСТВЕННЫЕ И ТОЧНЫЕ НАУКИ::Биология |
Дата публикации: | 2022 |
Издатель: | Elsevier B.V. |
Библиографическое описание источника: | Softw Impacts 2022;12. |
Аннотация: | The coding potential of RNA molecules can be estimated using algorithms that find open reading frames (ORFs). However, previously developed algorithms show limited performance. We developed a computational approach dedicated to the automatic identification of ORFs in a large set of human mRNA molecules. It is based on the vectorization of nucleotide sequences followed by classification using a random forest. The predictive model was validated on human mRNA molecules from the NCBI RefSeq and Ensembl databases and demonstrated almost 95% accuracy in detecting true ORFs. Our method is implemented into a powerful R/Bioconductor package ORFhunteR. |
URI документа: | https://elib.bsu.by/handle/123456789/289603 |
DOI документа: | 10.1016/j.simpa.2022.100268 |
Scopus идентификатор документа: | 85126923296 |
Финансовая поддержка: | VVG, MMY, VVS, and MKC were supported by the Ministry of Education of the Republic of Belarus , grant GPSR “Convergenciya–2020” N3.08.3 (registration number 20190531 ). PVN and MKC were supported by the Luxembourg National Research Fund ( C17/BM/11664971/DEMICS ). |
Лицензия: | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Располагается в коллекциях: | Статьи биологического факультета |
Полный текст документа:
Файл | Описание | Размер | Формат | |
---|---|---|---|---|
1-s2.0-S2665963822000264-main.pdf | 1,12 MB | Adobe PDF | Открыть |
Все документы в Электронной библиотеке защищены авторским правом, все права сохранены.