Разработка алгоритма кластеризации высоко вариабельных генов для создания композитных последовательностей и последующего построения филогений : отчет о научно-исследовательской и опытно-конструкторской работе (заключительный) / БГУ ; научный руководитель Н. В. Воронова

Abstract

Объекты исследования – последовательности высоковариабельных генов цитохромов Р450 тлей. Цель работы – создать алгоритм кластеризации высоко вариабельных генов для создания композитных последовательностей и последующего построения филогений. Материалы исследования: последовательности высоковариабельных генов цитохромов Р450 тлей, полученные из международных нуклеотидных баз данных. Методы исследования: компьютерные, биоинформатические. В результате был разработан алгоритм кластеризации высоко вариабельных генов для создания композитных последовательностей. Предложенный алгоритм позволяет организовывать группы близких последовательностей, используя различные методы выравнивания, а также учитывая различные эволюционные модели, используя матрицы дистанций в комбинации с алгоритмами пакетов sklearn. Данные, полученные в ходе выполнения НИР, могут быть использованы в области сравнительной геномики, биоинформатики, а также при проведении аналогичных работ по исследованию структур семейств высоковариабельных генов в геномах эукариотических организмов.