Алгоритмы нахождения линейных нейтрализующих мотивов в молекулярных данных: магистерская диссертация / Даниил Олегович Муравейко; БГУ, Факультет прикладной математики и информатики, Кафедра дискретной математики и алгоритмики; науч. рук. Мушко В. В.

Abstract

Объект исследования — проектирование и реализация алгоритма нахождения линейных нейтрализующих мотивов в молекулярных данных, что является решением задачи поиска списка максимальных клик в графе, для нахождения биомаркеров для выявления рака или вирусной инфекции. Цель работы — изучить и проанализировать существующие подходы к решению задачи поиска максимальной клики и спроектировать и реализовать алгоритм поиска списка максимальных клик. В ходе работы был произведен анализ существующих подходов к решению задач поиска максимальной клики, обоснование применения максимальных клик для нахождения биомаркеров для выявления рака или вирусной инфекции, был спроектирован, реализован последовательный и параллельный алгоритм поиска списка максимальных клик. Результатом работы является приложение, реализованное на языке Java и Scala с использованием Spark и фреймворка Fractal, которое позволяет по списку ребер найти список максимальных клик за приемлемое время. Область применения — медицина, программное обеспечение диагностирования рака или вирусной инфекции. Структура магистерской диссертации: «Перечень условных обозначений, символов и терминов», «Введение», «Общая характеристика работы», основная часть, «Заключение», «Список использованной литературы» и «Приложение».