Оценка уровня межвидовых различий в структуре геномов у тлей родов Aphis и Myzus, степени влияния указанных различий на процедуру выравнивания геномных данных : отчет о научно-исследовательской работе (заключительный) / БГУ ; научный руководитель Н. В. Воронова

Abstract

Объектом исследования являются геномы тлей родов Aphis и Myzus. Цель работы: провести первичную сборку данных полногеномного секвенирования генома Aphis fabae mordvilkoi, а также анализ результатов маппинга вышеуказанного генома со всеми данными полногеномных сборок отсеквенированных видов тлей, представленными в международных базах данных нуклеотидных последовательностей (IAGC, NCBI). Основные методы исследования: биоинформационные анализа (сборка генома, маппинг прочтений, выравнивание последовательностей, оценка качества прочтений, тримминг прочтений). В результате впервые были получены сведения об уровнях сходства всех геномов тлей, представленных в международных базах нуклеотидных последовательностей; получены первые данные для создания геномной ассамблеи A. fabae mordvilkoi; оптимизированы алгоритмы и параметры de novo сборки; проведена аннотация участков исследуемого генома A. fabae mordvilkoi, непокрытых по референсному геному A. glycines, доля которых составила 16,04 %. Функциональная принадлежность определялась путем поиска гомологичных нуклеотидных и аминокислотных последовательностей среди уже аннотированных геномов других видов тлей и насекомых.