Автоматизированный подход к идентификации сайтов связывания транскрипционных факторов в последовательностях бактериальных геномов

Abstract

Описан подход к идентификации сайтов связывания транскрипционных факторов на основе структурной информации о контактах аминокислотных остатков ДНК-связывающих доменов со специфическими нуклеотидами операторных участков. Показано, что при наличии нескольких расшифрованных структур и набора охарактеризованных операторных мотивов возможна идентификация сайтов связывания для значительной части транскрипционных факторов определенного семейства. Эффективность предложенной процедуры для трех проверенных семейств (LacI, GntR и LuxR) варьирует в пределах от 50 до 100 % в зависимости от качества исходной информации. Метод реализован в кросс-платформном приложении с открытым кодом https://github.com/nikolaichik/SigmoID).