Получение фрагмента генома вируса диареи крупного рогатого скота

Abstract

Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is the denomination of an economically important pathogen that primarily infects ruminants. A group of 89 bovine viral diarrhoea virus strain genomes (type 1 and 2) from the GenBank sequence database were analyzed to obtain a BVDV genome consensus by means of the multiple sequence alignment tool using Clustal Omega algorithm. Based on the consensus built two degenerate primers were constructed to isolate from the commercial lyophilized vaccine sample the genome part coding BVDV envelope glycoprotein E2. The LNA technology was used to generate the cloning primer pair, because of the high variability of the sequence to be cloned. The amplifi ed fragment was ligated into the cloning pUC18 vector and sequenced. The strain was conсluded to belong to the BVDV type 2 genotype based on the high sequence similarity to this type of virus. = Вирус диареи крупного рогатого скота – экономически важный патоген, инфицирующий главным образом животных из подотряда жвачных. Проанализированы последовательности геномов 89 штаммов вируса диареи крупного рогатого скота (1-го и 2-го типов) из базы данных нуклеотидных последовательностей GenBank. На основе результатов множественного выравнивания последовательностей геномов отобранных штаммов по программному алгоритму Clustal Omega построена консенсусная последовательность генома, на базе которой разработана пара вырожденных праймеров, использованных в работе для амплификации области генома вируса из образца лиофилизированной коммерческой вакцины. Поскольку целевой фрагмент является весьма вариабельной последовательностью, в конструкции праймеров использована технология LNA-нуклеотидов для повышения их сродства к матрице. Амплифицированный фрагмент генома был клонирован в векторе pUC18 и секвенирован. Результаты анализа сиквенса подтвердили принадлежность клонированной последовательности к геному BVDV 2-го типа и наличие фрагмента открытой рамки трансляции, кодирующего гликопротеин Е2 внешней оболочки вириона.