Компьютерный скрининг новых потенциальных ингибиторов ВИЧ-1 на основе высокоаффинных лигандов белка GP120 оболочки вируса: дипломная работа / Александр Владимирович Резник; БГУ, Факультет прикладной математики и информатики, Кафедра биомедицинской информатики; науч. рук. Андрианов А. М., Николаев Г. И.

Abstract

Цель работы: Изучение вируса иммунодефицита человека. Поиск потенциальных ингибиторов проникновения вируса иммунодефицита человека. Результат: Изучены данные литературы о ВИЧ-1 и известных ингибиторах проникновения вируса. Освоены методы компьютерного конструирования потенциальных лекарств. На основе полученных знаний построена фармакофорная модель для поиска потенциальных ингибиторов ВИЧ-1 в базах данных химических соединений. Проведен виртуальный скрининг молекулярных библиотек и отобраны соединения для дальнейших исследований. Выполнен молекулярный докинг отобранных соединений с белком gp120 ВИЧ-1 с последующей оптимизацией пространственных структур построенных комплексов лиганд/gp120 с помощью полуэмпирического квантово-химического метода PM7. Проанализированы типы межмолекулярных взаимодействий, ответственных за энергетическую стабилизацию этих надмолекулярных структур. Проведены молекулярнодинамические расчеты комплексов лиганд/gp120 и определены свободные энергии их образования. В результате проведенных исследований идентифицированы пять химических соединений, представляющих, согласно данным компьютерного моделирования, перспективные базовые структуры для разработки новых эффективных лекарственных средств против ВИЧ-1.