Функциональный анализ геномов Pectobacterium, 2.24 : отчет о научно-исследовательской работе (заключительный) / БГУ ; научный руководитель Е. А. Николайчик

Abstract

Объектом настоящего исследования являлись бактерии Pectobacterium carotovorum и Pectobacterium atrosepticum. Цель НИР: секвенирование и функциональный анализ полных геномных последовательностей Pectobacterium carotovorum и Pectobacterium atrosepticum. Работа выполнялась современными молекулярно-биологическими методами, включая ПЦР, молекулярное клонирование, направленный мутагенез, секвенирование следующего поколения и геномную биоинформатику. Ключевыми методическими подходами, наиболее критичными для выполнения работы, служили использование геномного секвенатора для расшифровки полных последовательностей фитопатогенных бактерий, а также разработка специализированного программного обеспечения для анализа и редактирования аннотированных геномных. В результате расшифрована последовательность геномов патогенов картофеля Pectobacterium carotovorum 14A и P. atrosepticum 36A, а также проведен сравнительный анализ секвенированных геномов четырех штаммов пектобактерий для оценки разнообразия представленных в РБ штаммов этого фитопатогена и уточнения их таксономической позиции; разработан программный пакет SigmoID для характеристики и поиска в геномных последовательностях сайтов связывания транскрипционных факторов, повторов, а также для редактирования аннотации геномных последовательностей; созданы коллекции профилей поиска операторов и промоторов для двух групп бактерий: пектолитических энтеробактерий и псевдомонад; показана возможность существенного улучшения аннотации бактериальных геномов на основе анализа сигналов контроля транскрипции. Программный код и исполняемые файлы SigmoID размещены в свободном репозитории (github.org/nikolaichik/SigmoID). Для двух геномных последовательностей Pectobacterium spp. аннотация скорректирована и дополнена информацией о регуляторных элементах. Расшифрованные впервые, а также модифицированные в ходе настоящей работы геномные последовательности четырех штаммов депонированы в базе данных GenBank.