Вклад различных механизмов генерации альтернативных транскриптов в разнообразие мРНК гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1 человека

Abstract

На большой выборке экзонов гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1, полученных из различных источников, исследованы закономерности генерации его альтернативных транскриптов. Показано, что альтернативные экзоны в абсолютном большинстве случаев образуются путем модификации канонических экзонов; транскрипты, включающие такие экзонные варианты, имеют очень низкий уровень экспрессии. Установлено, что около 80 % альтернативных экзонных вариантов генерируются «горячими областями», к которым относятся экзоны 4a, 6, 8b, 9, 11 и 12. Обнаружена новая точка инициации транскрипции, лежащая в области предсказанного биоинформатически промотора. Также установлено, что в лейкозных клетках коэкспрессируются транскрипты гибридного онкогена как с полноразмерными, так и с укороченными 3′-нетранслируемыми областями.