Диагностическая значимость разнообразных РНК-продуктов онкогена RUNX1/RUNX1T1 для мониторинга остаточного лейкозного клона при положительной по транслокации t(8;21) форме острого миелоидного лейкоза у детей : отчет о научно-исследовательской работе (заключительный) / БГУ ; научные руководители О. В. Алейникова, В. В. Гринев

Abstract

Объект исследования: гибридный онкоген RUNX1-RUNX1T1 человека. Цель исследования: определить диагностическую значимость разнообразных РНК-продуктов онкогена RUNX1-RUNX1T1 в мониторинге остаточного лейкозного клона при положительной по транслокации t(8;21)(q22;q22) форме ОМЛ у детей. Методы исследования: биоинформационный анализ и моделирование, выделение и очистка тотальной клеточной РНК, синтез комплементарной ДНК (кДНК), полимеразная цепная реакция (ПЦР), ПЦР в реальном времени, гель-электрофорез, клонирование, секвенирование, проточная цитометрия, вестерн-блоттинг. Использованные приборы: персональный компьютер Intel® Core™ i5-4670K 3.40 GHz CPU с двумя операционными системами Windows 7 Ultimate и Linux Ubuntu 14.04 LTS, микроцентрифуга Biofuge fresco, спектрофотометр Cary50, термоциклер ThermoHybaid, секвенатор ABI PRISM 3130, система для белкового гель-электрофореза Mini-Protean® Tetra Cell, система для белкового переноса Mini Trans-Blot® Electrophoretic Transfer Cell. Основные результаты: экспериментально доказано наличие в t(8;21)-положительных клетках ОМЛ 19 вариантов молекул РНК гена RUNX1T1, образующихся при работе четырех альтернативных промоторных регионов. Полученные данные указывают на то, что эти молекулы РНК происходят с гибридной аллели RUNX1-RUNX1T1, а не нормальной аллели гена RUNX1T1. Показано, что часть из обнаруженных молекул РНК может транслироваться в белковые продукты, которые образуют внутриклеточную сеть регуляций, частично перекрывающуюся с регуляторной сетью гибридного гена RUNX1-RUNX1T1. Произведен отбор изоформ мРНК гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1 для последующего качественного и количественного анализа экспрессии в лейкозных клетках модельной клеточной линии Kasumi-1, а также пациентов с положительной по транслокации t(8;21)(q22;q22) формой ОМЛ. К отобранным изоформам мРНК разработаны специфические праймеры и олигонуклеотидные пробы, отработана методология количественной ПЦР. Показана дифференциальная экспрессия отобранных изоформ РНК продуктов гибридного гена в лейкозных клетках как модельной клеточной линии, так и в образцах пациентов с цитогенетической и молекулярной ремиссией. Области применения: биоинформатика, клеточная и молекулярная биология, онкогематология.