Sigmoid: удобная компьютерная программа для идентификации и аннотации регуляторных участков бактериальных геномов

Abstract

Сегодня аннотация бактериальных геномов становится все более автоматизированной. Принцип «от гена к гену», лежащий в основе аннотации с помощью компьютерных программ, эффективен при идентификации таких функциональных элементов генома, как гены, кодирующие белки и РНК; сигнальные пептиды. Однако регуляторные последовательности (сайты связывания транскрипциионных и сигма-факторов, транскрипционные терминаторы) и структура оперонов редко принимаются во внимание, что снижает качество и информативность конечной аннотации. Представляем программу SigmoID, целью которой является упрощение идентификации регуляторных участков транскрипции в бактериальных геномах и редактирования конечной аннотации исходя из имеющейся регуляторной информации.