Анализ альтернативных форм сплайсинга пре-мРНК гибридного онкогена AML1/ETO в клетках острого миелоидного лейкоза, содержащих транслокацию t(8;21)(q22;q22) : отчет о научно-исследовательской работе (заключительный) / научный руководитель В. В. Гринев

Abstract

Объект исследования: гибридный онкоген AML1/ETO человека. Цель исследования: определить разнообразие альтернативных форм сплайсинга пре-мРНК

гибридного онкогена AML1/ETO в клетках модельных линий и лейкозных клетках больных

ОМЛ, содержащих транслокацию t(8;21)(q22;q22). Методы исследования: биоинформационный анализ и моделирование, выделение и

очистка тотальной клеточной РНК, синтез комплементарной ДНК (кДНК), полимеразная

цепная реакция (ПЦР), гель-электрофорез, клонирование, секвенирование, получение

рекомбинантных лентивирусов, трансдукция, проточная цитометрия, РНК-интерференция,

ПЦР в реальном времени, вестерн-блоттинг. Использованные приборы: персональный компьютер HP Pavilion dv9700 Notebook с двумя

операционными системами Windows VistaTM Home Premium и Ubuntu 9.04,

микроцентрифуга Biofuge fresco, спектрофотометр Cary50, термоциклер ThermoHybaid,

секвенатор ABI PRISM 3130, проточный цитофлуориметр FACScan. Основные результаты: Построена описательная биоинформационная модель гибридного

онкогена AML1/ETO. Проведена экспериментальная верификация активности

предсказанных альтернативных областей начала транскрипции и ее терминации у

гибридного онкогена AML1/ETO. Создана библиотека полноразмерных кДНК и EST-

подобных последовательностей гибридного онкогена AML1/ETO из ОМЛ, содержащих

транслокацию t(8;21)(q22;q22). У изучаемого онкогена идентифицировано 44 новых

варианта РНК-продуктов. Предложена граф-модель для анализа разнообразия

транскриптов гибридного онкогена AML1/ETO. Изучен спектр альтернативных форм

сплайсинга пре-мРНК гибридного онкогена AML1/ETO в лейкозных клетках больных ОМЛ,

содержащих транслокацию t(8;21)(q22;q22), на протяжении курса терапии и в состоянии

ремиссии. Созданы альтернативные пары праймеров для гнездной и полуколичественной

ПЦР, учитывающие разнообразие транскриптов гибридного онкогена AML1/ETO. Эти пары

праймеров позволяют на порядок повысить чувствительность детекции транскрипционной

активности гибридного онкогена AML1/ETO у пациентов с ОМЛ, положительным по

транслокации t(8;21)(q22;q22), при первичной диагностике, а также при диагностике

минимальной резидуальной болезни, по сравнению с подходами, использующимися на

данный момент в клинической практике. Области применения: биоинформатика, клеточная и молекулярная биология,

онкогематология.